La Scuola San Luigi nasce trenta anni fa, nel 1979, dalla passione educativa di Mons. Salvatore Gaiani che ha voluto costruire e lasciare sul territorio un segno tangibile della presenza cristiana in un ambito importante come quello della formazione e della crescita dei ragazzi, rispondendo così con un indirizzo chiaro e forte a quei segnali di trasformazione che emergevano in Garbagnate, che da paese agricolo stava diventando periferia di una città come Milano.
La scuola nasce subito come scuola elementare e media, per prendersi a cuore proprio la fascia di età più critica e problematica nelle fasi della crescita di un individuo.
Si è sempre posta come autentico servizio pubblico volto a consentire a tutte le famiglie la possibilità di scegliere, in assoluta libertà, un luogo ed un contesto culturale nel quale concretizzare il diritto allo studio di ogni cittadino e prendere parte ad una peculiare azione educativa di chiara impronta cristiana.
La centralità dell'alunno, le sue esigenze, la sua crescita sono state, da sempre, il fulcro del lavoro di quanti, nel corso di questi anni, hanno voluto costruire la nostra storia.

Nel 1982 Don Giuseppe Caimi, succeduto a Mons. Gaiani, promuove nuovo impulso e sostegno alla scuola. Con lui si festeggia il decimo anniversario con un viaggio a Roma dove tutta la scuola viene ricevuta dal Santo Padre Giovanni Paolo II. La scuola si arricchisce di nuove strutture e di attrezzature per migliorare la didattica ma gli obiettivi di fondo sono sempre gli stessi: trasmettere ai suoi alunni rispetto per gli altri, rispetto per se stessi, accettazione di tutte le diversità come ricchezza, sempre alla luce dei valori cristiani che la hanno fondata.
Nel 1995 Mons. Angelo Sala ribadisce l'importanza dell'azione svolta fino ad allora e manifesta la volontà di continuare l'opera educativa intrapresa dalla Scuola San Luigi. Nonostante alcuni momenti di difficoltà, cambi di dirigenza, ricambi generazionali tra i docenti, la scuola ha tenuto fede alla sua vocazione ed ha sempre portato avanti la sua linea educativa cristiana, rafforzando sempre più il legame con la comunità parrocchiale in cui, da sempre, affonda le sue radici.
Don Claudio Galimberti, nuovo parroco e gestore della scuola soltanto da dicembre 2008, rinnovando e rafforzando le decisioni prese dai suoi predecessori, ha più volte ribadito l'importanza della scuola San Luigi come luogo di crescita umana e cristiana e si è inserito senza difficoltà nella linea tracciata ormai trenta anni fa dal suo fondatore.

L'asilo infantile di Garbagnate Milanese, fondato nel 1911 da Don Innocente Viganò che diede vita all'iniziativa con il contributo di numerosi benefattori, è entrato a far parte dell'Istituto San Luigi nel 2008 e si inserisce così come primo segmento di un percorso verticalizzato con cui completare la formazione dei ragazzi fino alle soglie della loro prima importante scelta di vita, la scuola superiore.